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A 轨 · 概念提名(LLM 扩展)

Lysosomal membrane permeabilization

https://www.preprints.org/manuscript/202608.0998/v1

功能 Preview 版本 — 数据与界面正在快速迭代中,结果口径以发布快照为准。

主判定

单模块信号显著(BH 校正);增量为正

不显著不等于该研究没有价值——仅表示在本基准的该决策任务上未检出可测的独立增量。

关键指标

colSingle0.050
colIncr+0.010
colP0.0050
colQ0.0447
nullMean0.0070

分疾病明细

疾病单模块 Recall@20图谱增量
Athero0.0000.000
Dep0.0500.000
Hyper0.1500.000
Osteo0.0500.000
T2D0.000+0.050

家族内评测

归入家族 Hallmarks72 modules 个模块)家族内增强

家族增量+0.010
替代测试+0.020
最相似模块(可替代对象)Hallmarks:A1_proteostasis

分疾病家族增量

Athero: 0.00Dep: 0.00Hyper: +0.05Osteo: 0.00T2D: 0.00

与 332 全图谱口径互补:提名作为其最贴近家族(如 Hallmarks)的新成员评测。替代测试回答——若用它换掉同家族最相似的现有模块,家族表现是否不受损。

图谱邻域定位

该基因集在图谱中与 YFY:决明子食疗本草模块, r = 0.271)最为接近

  • YFY:决明子食疗本草模块 · r = 0.271
  • YFY:牡蛎食疗本草模块 · r = 0.254
  • YFY:八角茴香食疗本草模块 · r = 0.234
  • TCM:T3_fluid_retention中医模块(TCM) · r = 0.207
  • YFY:灵芝食疗本草模块 · r = 0.203

家族贴近度(与各模块家族的平均相关)

衰老标志(Hallmarks)0.02食疗本草模块0.00扩展营养模块(NUTX)-0.03营养素模块(NUT)-0.03中医模块(TCM)-0.04

基于 z-score 列 Pearson 相关:你的基因集在 332 模块图谱中离哪些经典模块最近——高贴近说明概念与图谱已知区域重叠,低贴近则可能开辟新区域。

最相似模块(冗余度)

  • TCM:决明子r = 0.271
  • TCM:牡蛎r = 0.254
  • TCM:八角茴香r = 0.234

基于 z-score 列 Pearson 相关的冗余度代理;高相关说明该概念已被现有图谱模块覆盖。

AI 提议基因集 (32)

PPT1DNASE2BARSBMANBAMLST8HGSNATFEZF1ASAH1IDUAHEXAACER1CALCOCO2LAMTOR1IDSGUSBNEU1NBR1VPS37BGNPTGIGF2RCTSLTFE3NAGLUNEU4GBADNASE2AGASORT1ARSAGNSRPTORVPS4A

概念提名(A 轨)的基因集由 LLM 管道扩展生成并全部公开,供审计与复现。

steeramed_bench Table 1 (cv_logistic C=0.1, seeds 42/123/456, capped Recall@20)